A primeira referência data de 1390 numa ordem de D.João I para a construção de uma torre de vigia costeira. No entanto, há notícias de um templo romano dedicado a Neptuno nesse mesmo local.
Sofreu ao longo dos séculos diversas obras de ampliação e remodelação.
Já no século XX, depois de ter sido prisão e casa de férias da família real, o forte foi oferecido a D. Amélia para aí instalar um sanatório que, após a redução do número de tuberculosos, foi transformado no Hospital Ortopédico de Santiago do Outão que ainda hoje se mantém.