Até 1640 o número de fortificações construídas pela costa portuguesa não chegava a duas dezenas, a partir deste período, num curto espaço de tempo, foram elevadas novas estruturas militares, ultrapassando, em muito, aquele número.
No caso da região da Arrábida, antes deste período estavam contabilizadas três fortificações. No final do século XVII, outras dez tinham sido erguidas, das quais seis em Setúbal e Sesimbra.
Por ordem do rei D. João IV (1640-1656), começa a ser projetada, em 1642, a construção do Forte de Albarquel, iniciando-se a obra no ano seguinte (1643) a qual terminou já no reinado de Pedro II de Portugal (1683-1706).
Este Forte visava o reforço da capacidade de fogo da Fortaleza de S. Filipe e estava integrado na estratégia de defesa militar do reino na proteção da barra de Setúbal.
Entre a população de Setúbal, que muito contribuiu para as obras de fortificação de toda a barra de Setúbal, encontravam-se os proprietários locais das marinhas de sal e a Confraria dos Navegantes e Pescadores da Vila de Setúbal ou “do Corpo Santo”.
O Forte de Albarquel foi desartilhado em 1883. Na primeira metade do século XX veio a ser construída nos terrenos adjacentes, uma fortificação subterrânea, dotada de casernas, depósito de água, paióis e central elétrica, com dispositivo de camuflagem e três canhões Krupp, de 150mm. A unidade incorporava até 1999, a 8.ª Bataria do extinto Regimento de Artilharia da Costa, do Exército Português.
A 21 de junho de 2001, teve início o processo de desafetação do domínio público militar do Forte de Albarquel, bem como de uma parcela de terreno inserida no domínio público hídrico, permitindo a posterior cedência de utilização do imóvel à Câmara Municipal de Setúbal que dele tomou posse, em 2015.
Seguiu-se a respetiva recuperação e requalificação como núcleo museológico, adequando-o igualmente à realização de atividades culturais, de apoio turístico e de sensibilização ambiental.
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